山东大学文化遗产研究院成立于2012年5月，其前身为山东大学东方考古中心。著名科学家吴良镛先生担任学术顾问，故宫博物院院长单霁翔任名誉院长。

文化遗产研究院现有专兼职人员20余名，其中教授8名，具有考古学的硕士和博士招生资格以及文物与博物馆学的专业硕士招生资格，下设东方考古研究中心、《东方考古》编辑部、文化遗产研究室和综合办公室等分支机构。

建国初期，著名考古学家和美术史学家刘敦愿教授开设专业课程，率领师生在日照、临沂、滕州等地开展考古调查，促进了山东史前文化的研究。1972年创建考古专业，从而使我校成为最早建立考古专业的高校之一。1986年考古专业获得硕士学位授权点，2000年获博士学位授权点，2012年增设博士后科研流动站。2002年成立东方考古研究中心，为学校“211”、“985”工程重点建设的科研平台；2006年东方考古研究中心被列为山东省级人文社科研究基地。同年“考古学与博物馆学”被列为山东省级重点学科。2008年被评为山东省品牌专业建设点。考古实验教学中心于2009年入选国家级教学示范中心。方辉教授负责的“环境考古学创新引智基地”获2008年教育部和国家外国专家局“111计划”二期培育项目资助, 2010年获批“111计划”资助项目，更名为“环境与社会考古学创新引智基地”。2017年3月，由山东大学与耶鲁大学联合成立的“环境与社会考古学”国际联合实验室通过教育部立项。2011年6月，考古学及博物馆学入选山东省“十二五”省级特色重点学科。同年，中华文明起源研究中心入选山东省“十二五”高校人文社会科学研究基地（强化建设），环境考古实验室入选山东省“十二五”高校重点实验室。2011年9月，通过国务院学位委员会“一级学科博士点”最新认定。

2019年9月文化遗产研究院搬迁至山东大学青岛校区，研究院将坚持开放性、国际性的特色，将研究院建成考古学、文物与博物馆学高层次人才培养中心、高端科研中心、高水平咨询中心和国际文化交流中心。